Program Keahlian Rekayasa Perangkat Lunak (RPL) di SMK Muhammadiyah Seyegan merupakan kompetensi keahlian yang mempelajari proses perancangan, pembuatan, pengujian, dan pengembangan perangkat lunak (software) untuk berbagai kebutuhan di era digital.
Program Keahlian Teknik Sepeda Motor (TSM) di SMK Muhammadiyah Seyegan merupakan kompetensi keahlian yang membekali peserta didik dengan pengetahuan, keterampilan, dan sikap profesional di bidang perawatan, perbaikan, serta teknologi kendaraan roda dua.